会社員でも確定申告が必要なケース【2026年版】｜副業・医療費・ふるさと納税の申告方法

「会社員は年末調整だけでいいんじゃないの？」—— 実は、そう思っていると損をするケースが多いです。

副業収入がある人、医療費が多かった人、ふるさと納税を6自治体以上に寄付した人、住宅ローン控除の初年度……。これらは全員、確定申告が必要または申告した方がお得になります。

この記事では、会社員が「自分は確定申告が必要か？」を判断できるように、ケース別にわかりやすく解説します。

この記事でわかること

• 確定申告が「必要なケース」と「した方がお得なケース」の違い
• 副業・医療費・ふるさと納税・住宅ローンの申告方法の概要
• 確定申告の期間と流れ（e-Taxでスマホからできる）
• 確定申告を自動化・効率化するツールの紹介
• よくある質問（FAQ）

確定申告が「必要」なケース

以下に当てはまる会社員は、確定申告が義務です。

① 副業・フリーランス収入が年間20万円超

会社以外の収入が年間20万円を超えると申告義務が発生します。

• ブログ・アフィリエイト・YouTube
• フリーランスの仕事
• 不動産収入
• 株・FXの譲渡益や配当（特定口座の源泉徴収なしの場合）

「20万円以下なら不要」という認識は正しいですが、住民税の申告は別途必要な場合があります。確認しておきましょう。

② 給与収入が2,000万円超

高収入の会社員は年末調整で対応できず、確定申告が必要です。

③ 2か所以上から給与を受け取っている

副業が「給与」の場合（アルバイト・派遣など）は、メイン以外の給与が20万円以下でも一定条件で申告が必要です。

④ 年の途中で退職し、再就職していない

退職後に年末調整を受けられなかった場合、還付される税金がある可能性があります。確定申告で取り戻せます。

確定申告をした方が「お得になる」ケース

義務ではありませんが、申告することで税金が戻ってくるケースです。

① 医療費が年間10万円超（医療費控除）

1年間に支払った医療費の合計が10万円を超えた場合、超えた分が控除されます（総所得の5%超の場合はその金額）。

対象となる医療費の例：

• 病院・歯科・眼科などの診療費
• 薬局で購入した市販薬（セルフメディケーション税制の対象品）
• 介護サービスの費用
• 通院のための電車・バス代

ポイント： 同じ家族の分もまとめて申告できます。夫婦でどちらが申告するか、所得の高い方がまとめると節税効果が高くなります。

② ふるさと納税を6自治体以上に寄付した

ふるさと納税のワンストップ特例は、寄付先が5自治体以内の場合のみ利用できます。6自治体以上寄付した場合は確定申告でまとめて申告する必要があります。

③ 住宅ローン控除の初年度

住宅ローンを組んで家を購入した最初の年は、確定申告が必要です。2年目以降は年末調整で対応できます。

④ 年の途中で退職し、再就職しなかった

退職後に年末調整を受けていない場合、払いすぎた税金が還付される可能性があります。「退職したまま確定申告しない」は損をしているケースが多いです。

確定申告の期間・手順

申告期間

還付申告は2月16日前でも申告できます。早めに申告すると早く還付されるので、医療費控除などを受ける場合は1月から動くのがおすすめです。

手順の流れ（e-Tax）

1. 確定申告書類の準備

   • 源泉徴収票（会社からもらう）
   • 医療費の領収書 or 医療費通知
   • ふるさと納税の寄付証明書
   • その他控除関連の書類

2. 国税庁の確定申告書等作成コーナーかe-Tax（スマホ対応）で入力

   • マイナンバーカード対応のスマホがあれば、確定申告所に行かずに完結

3. 提出・送信

   • e-Tax送信または郵送

4. 還付金の入金確認

   • 申告後1〜2ヶ月で銀行口座に振込

確定申告を効率化するツール

毎年手作業で確定申告するのは大変です。特に副業収入がある場合、日々の帳簿管理も必要になります。

クラウド会計ソフトを使えば、銀行口座やクレジットカードと自動連携して明細を取得し、確定申告書類を自動作成してくれます。

こんな人に向いています：

• 副業収入があり、毎年の確定申告が面倒な人
• 領収書や明細の管理が煩雑になっている人
• 確定申告のたびに「何をどこに入力すればいいかわからない」と感じる人

銀行口座やクレジットカードを連携すれば、支出が自動で仕訳されます。確定申告書の作成も、質問に答えるだけで書類が完成する仕組みです。

副業収入がある会社員の注意点

住民税の「普通徴収」を選ぶこと

副業収入がある場合、確定申告の「住民税の徴収方法」の欄で**「自分で納付（普通徴収）」を選択**することが重要です。

「給与から天引き（特別徴収）」を選ぶと、副業分の住民税も会社に通知されてしまい、副業が会社にばれるリスクがあります。

経費を正しく計上する

副業に関連する費用は経費として計上できます。

経費を正しく計上することで、実質的な税負担を減らせます。

クレカと確定申告の組み合わせ

副業・フリーランスの方は、事業用のクレジットカード払いに統一すると会計が楽になります。

クレカ明細がそのまま経費の記録になり、クラウド会計ソフトとの自動連携で仕訳がほぼ自動になります。

よくある質問（FAQ）

Q1. 副業収入が20万円以下なら本当に確定申告不要ですか？

A. 所得税の確定申告は不要ですが、住民税の申告は市区町村への申告が必要な場合があります。自治体によって取り扱いが異なるため、念のため確認することをおすすめします。

Q2. 医療費控除はどこまで対象になりますか？

A. 基本的には「治療を目的とした医療費」が対象です。美容目的の手術や、健康診断（病気が発見されなかった場合）は対象外です。歯科矯正も「治療のため」と認められる場合は対象になります。

Q3. ふるさと納税をワンストップ特例で申請済みでも確定申告できますか？

A. できます。ただし、確定申告でふるさと納税を申告する場合は、ワンストップ特例の申請は「なかったこと」になります（確定申告の方が優先）。確定申告する場合は、ワンストップ特例の申請書が届いていても別途確定申告で申告が必要です。

Q4. e-Taxを初めて使う場合、何が必要ですか？

A. マイナンバーカードとスマートフォン（マイナンバーカード読み取り対応）があれば、最もスムーズです。マイナポータルアプリとe-Taxを連携することで、医療費通知などの書類も自動取得できます。

Q5. 確定申告を忘れていた場合、後から申告できますか？

A. 還付申告（税金が戻る場合）は5年以内なら申告できます。追加納税が必要な場合は早めに申告を。期限を過ぎると無申告加算税・延滞税が発生します。

まとめ：自分が確定申告すべきか確認するチェックリスト

以下のどれか1つでも当てはまれば申告を検討してください：

• 副業・フリーランス収入が年20万円超
• 1年間の医療費が10万円超（家族合計）
• ふるさと納税を6自治体以上に寄付した
• 住宅ローン控除の初年度
• 年の途中で退職・再就職していない
• iDeCo（確定拠出年金）に加入している（年末調整で申告していない場合）

確定申告は「難しそう」というイメージがありますが、e-Taxとクラウド会計ソフトを使えば、以前より格段に楽になっています。まず「自分は申告が必要か・お得になるか」を確認するところから始めてみてください。

この記事で紹介したツール・サービスまとめ

確定申告をラクにするツール

• マネーフォワード クラウド確定申告（銀行・クレカ自動連携・書類自動作成）
• 楽天カード（年会費無料・還元率1%・会計ソフトとの自動連携に便利）
• ふるさと本舗（ふるさと納税・食品特産品・Amazonギフト券キャンペーンあり）

※マネーフォワード クラウド確定申告は無料プランから始められます。

関連記事

• iDeCo 2024年12月改正｜確定申告で控除をフル活用する方法
• インボイス制度【2026年版】副業・フリーランスの対応策
• 106万・130万円の壁｜副業と社会保険の正しい知識
• ふるさと納税とワンストップ特例の使い分け方

本記事はFP（ファイナンシャルプランナー）の知識をもとに執筆しています。

本記事は2026年時点の税制・申告ルールに基づいています。確定申告の手続きや所得控除の要件は変更される場合があります。最新情報は国税庁の公式サイトをご確認ください。